La enfermedad causada por el virus del dengue, Dengue virus (DENV), es una de las enfermedades virales reemergentes de mayor importancia a nivel mundial y en Paraguay constituye un problema de salud pública. Se estudió la epidemiologia molecular del DENV aislado de pacientes del Hospital Central del Instituto de Previsión Social entre febrero y junio del 2011. El DENV aislado se tipificó por amplificación de los genes que codifican la proteína NS5 y de la envoltura (E). Se secuenció el gen de la proteína E, las secuencias obtenidas se compararon con secuencias de aislados de diferentes países. Se aisló DENV a partir de 78/98 sueros de pacientes con resultados positivos para NS1, de los cuales 60 correspondían a DENV-1 y 18 a DENV-2. Se secuenció el gen de la proteína E de 45 DENV-1 y 11 DENV-2, estos pertenecían al genotipo V y al genotipo Americano/Asiático respectivamente. Se mostró una relación filogenética de los virus aislados con virus provenientes del Caribe y se sugirió que la introducción de ambos tipos pudo haber sido a través de Brasil. Se observó que los DENV-1 y DENV-2 aislados en 2011 pertenecían a grupos distintos de los detectados en años anteriores, sugiriendo la ocurrencia de un reemplazo de grupos. No obstante, se precisan más estudios para demostrar la asociación entre la introducción de nuevos grupos y el aumento de casos y muertes registrados en 2011 en Paraguay. Este estudio refuerza la relevancia de una vigilancia continua de los virus circulantes en el país.