Teniendo en cuenta que la eliminación de las bacterias del sistema de conductos radiculares es de crucial importancia para obtener éxito en la endodoncia, se han realizado numerosas investigaciones sobre este tema en los últimos años, se elabora la siguiente revisión bibliográfica, a fin de que el endodoncista conozca el estado de la microbiología endodóntica actual, de tal manera a mejorar el manejo clínico. Con este objeto se describen los conceptos de microbiología general y endodóntica, se citan y describen las vías de acceso de los microorganismos a los conductos radiculares, composición de la microbiota endodóntica actual y los avances taxonómicos en esta área. Se define que es el Biofilm y la resistencia bacteriana. Se citan los agentes antimicrobianos utilizados tanto para irrigación de conductos como la medicación intracanal entre sesiones. Se escribe el estado actual de la toma de muestra en conductos y su posterior cultivo.