Las enfermedades infecciosas de la región orofacial frecuentemente son tratadas con prescripción de un antibiótico de amplio espectro pues existe la creencia de que el diagnóstico etiológico demora la solución del proceso. El papel de laboratorio de microbiología clínica en la determinación del agente etiológico de las infecciones de la región oral y sus adyacencias ha ido aumentando en los últimos años, sumándose a esto la relación cada vez más estrecha entre odontólogos y microbiólogos. Una vez que exista presunción de la enfermedad infecciosa, para determinar el diagnóstico etiológico se efectúan exámenes microscópicos y cultivos de la muestra clínica obtenida al foco de infección. En la toma de muestra para el diagnóstico microbiológico, el tipo de material clínico a recoger, la cantidad así como el método y medio de transporte depende de los estudios a realizar que a su vez dependerán de la sospecha etiológica. En todo proceso analítico la fase previa tiene una importancia capital para la calidad final de los resultados, entre los factores cruciales de esta etapa hay que señalar la obtención de la muestra en las condiciones apropiadas según las especificaciones del laboratorio, su correcta rotulación para evitar errores de identificaciones, el transporte y la conservación adecuada del material recogido. Se realiza una revisión bibliográfica y actualización de las indicaciones, métodos de obtención y transporte de muestra para el diagnóstico microbiológico de las infecciones en la región orofacial. Los objetivos fueron, reconocer la importancia de la relación odontologo-microbiólogo, describir los principales métodos de toma de muestra en la región orofacial así como también sus métodos al laboratorio de microbiología clínica más utilizados. El propósito es que el odontólogo general sepa reconocer y utilizar los procedimientos de toma y transporte de muestra de laboratorio de microbiología clínica para el diagnóstico de las infecciones..