Las poblaciones del Trypanosoma cruzi que circulan en Paraguay han mostrado una gran diversidad genética, la cual ha sido evaluada usando diferentes metodologías y técnicas. Se han identificado varios genotipos de este parásito infectando una diversidad de hospederos, incluyendo pacientes, vinchucas, animales silvestres y domésticos de diferentes regiones. La diversidad genética observada en los aislados de nuestro país podría implicar diferencias en las manifestaciones clínicas de la enfermedad de Chagas, así como diferencias en sus características biológicas, como ser el grado de infectividad, virulencia, patogenicidad, capacidad antigénica y susceptibilidad o resistencia a las drogas tripanocidas. Hasta el momento, estos aspectos han sido poco explorados y evaluados en las cepas paraguayas. El aislamiento e identificación del grupo y subgrupos de T. cruzi, que circulan en los diferentes ciclos de transmisión en una determinada región geográfica, siguen siendo relevantes porque permiten conocer la dinámica de transmisión del parásito y evaluar el riesgo de introducción a partir de focos selváticos.