La tripanosomiasis americana es una infección causada por un protozoario flagelar Trypanosoma cruzi que está diseminado por todo el continente Americano. T. cruzi es una especie heterogénea que comprende varias sub-poblaciones que circulan en hospederos vertebrados domésticos y salvajes, e invertebrados. Esta diversidad genética ha sido detectada con técnicas moleculares demostrándose que circulan clones mayoritarios en varios hospederos y en diferentes áreas geográficas de América Latina. Aislados de T. cruzi han sido divididos en dos grupos genéticos nombrados por consenso internacional T. cruzi I (linaje 2-asociado al ciclo enzoótico) y T. cruzi II (linaje 1-asociado al ciclo doméstico). La interacción de los clones infectivos de T. cruzi y el hospedero humano podrían determinar la morbilidad de la enfermedad. En este trabajo se empleó la técnica PCR para amplificar genes constitutivos de T. cruzi, como el gen 24S Ribosomal y el gen mini exón (ME) y se detectaron linajes de T. cruzi en 112 muestras (83%) de un total de 135 muestras de niños infectados provenientes de dos departamentos endémicos para la enfermedad de Chagas en Paraguay (Cordillera y Paraguarí). En cuanto a la procedencia de las mismas, 53 muestras eran de Paraguarí y 59 muestras de Cordillera. Los sub-linajes encontrados fueron: Paraguarí: 34TcIIc, 17 TcIId, 1 muestra TcIIb-IIe y 1 muestra ND (no determinada), En Cordillera: 37 TcIIc, 19 TcIId, 1 muestra TcIIb-IIe y 2 muestras no determinadas. No se encontró linaje I, selvático en ninguna de las 2 áreas estudiadas