Los nuevos retos de la gestión y conservación de la biodiversidad requieren de la gestión integral de las áreas protegidas con el objetivo de conservar o mejorar la salud ambiental de los ecosistemas. Se considera que la salud ambiental se refiere a la capacidad del ecosistema de proporcionar insumos para actividades antrópicas sin estar comprometido su funcionamiento espacio-temporal, conservando los principales elementos estructurales que lo conforman y manteniendo la capacidad de recuperación aún dentro del stress y resiliencia propios del ecosistema. Si bien, existen diversas posibilidades en cuanto a la gestión de la biodiversidad, en este caso se ha implementado con alto éxito un sistema de gestión de la calidad en el manejo del área núcleo de la Reserva de Biosfera basado en la normativa internacional ISO. Se señalan los aspectos más relevantes y recomendaciones para la incorporación del sistema de gestión, así como algunas de las lecciones aprendidas durante la incorporación del sistema en un área de este tipo.