El clima organizacional se considera un factor que refleja las facilidades u obstáculos que encuentra el trabajador en el contexto laboral. Es importante determinar el grado de satisfacción del trabajador en una organización de manera a realizar intervenciones efectivas si fuera necesario que mejoren las condiciones laborales, de manera a optimizar la productividad. En Paraguay pocos trabajos han caracterizado el clima organizacional de un hospital y ninguno de un hospital militar, por lo que se realizó este estudio para determinar la percepción del clima organizacional en sus diversas dimensiones del personal sanitario y administrativo del Hospital Central de las Fuerzas Armadas de Paraguay en el año 2012. Estudio observacional descriptivo de corte transversal con componente analítico, en una muestra por conveniencia de 226 trabajadores del mencionado hospital. La recolección de los datos se realizó mediante una encuesta autoadmistrada, utilizándose el cuestionario recomendado por la OPS “Inventario de clima organizacional”, que consta de 80 ítems distribuidos en cuatro dimensiones, motivación, liderazgo, participación y reciprocidad, además de datos socio-demográficos y laborales del personal. El 55% del personal encuestado declaró nivel de insatisfacción en la dimensión motivación, en la dimensión reciprocidad 53% y en participación 32%, además hubo un alto porcentaje de riesgo de insatisfacción (83%) en liderazgo y en participación (68%). Se obtuvieron niveles insatisfactorios en todas las dimensiones estudiadas relacionadas al clima organizacional en el personal del Hospital Militar. Es necesario que se tomen medidas pertinentes que ayuden a mejorar la percepción de los empleados hacia la organización del hospital.