La leishmaniosis es una enfermedad producida por diferentes especies del protozoario Leishmania agrupados en complejos, es transmitida por flebótomos presentando una variedad de síntomas clínicos. La técnica reacción en cadena de la polimerasa (PCR) permite amplificar regiones blanco específicas del género Leishmania y de los complejos Leishmania donovani y Leishmania braziliensis, directamente en muestras biológicas sin cultivos in vitro previo. En este estudio se realizó una evaluación descriptiva, durante el periodo 2001 a 2006, analizando 169 biopsias (piel y mucosas) y 31 aspirados de médula ósea en pacientes con sospecha clínica de leishmaniosis, además se evaluaron 44 muestras de bazo de caninos. Las muestras procedían de distintas zonas endémicas del país. Se detectó género Leishmania en el 71% de las biopsias (piel y mucosas), en 68% en los aspirados de médula ósea y en 82% de los bazos de caninos. Se identificó el complejo L. braziliensis en los pacientes con leishmaniosis cutánea y mucosa y el complejo L. donovani en pacientes con la forma visceral. Estos resultados han demostrado la utilidad de la técnica de PCR para la detección y caracterización de los parásitos de Leishmania en distintas muestras biológicas.