Entre las fuentes principales que suministran agua para consumo humano se encuentran los acuíferos, que son formaciones geológicas que almacenan agua y actúan como depósito y reserva y se encuentran en toda la superficie terrestre. La explotación se realiza mediante pozos artesianos. La demanda creciente de consumo de agua potable en zonas densamente pobladas han requerido su instalación. El objetivo de este estudio fue determinar el grado de contaminación expresado en la concentración de coliformes fecales, totales y aerobios mesófilos en muestras de agua de pozo del departamento Central, Cordillera y municipio Capital, dentro del límite de afloramiento del acuífero Patiño. Se evaluaron 57 muestras de agua de pozo artesiano de 20 a 130 m de profundidad, tratadas y no tratadas remitidas por propietarios de pozos particulares y aguaterias al INTN durante el año 2008. Se usó la técnica de tubos múltiples para la determinación de coliformes totales y fecales y la de número más probable para aerobios Mesófilos. Fueron clasificadas como contaminadas el 58%(33/57) de las muestras. En las aguas tratadas el 12,5; 40 y 31,2% tenían valores fuera de lo permitido para coliformes fecales, aerobios mesófilos y coliformes totales respectivamente. En aguas no tratadas el 19,5; 61,5 y 48,8% tenían coliformes fecales, aerobios mesófilos y coliformes totales, respectivamente, en niveles fuera de lo permitido de acuerdo a lo establecido en la Norma Paraguaya NP 24 001 80 (5ª edición). Es importante detectar la contaminación microbiológica en las aguas subterráneas, ya que constituyen fuentes de agua potable.