El virus del papiloma humano (HPV) es el agente etiológico de infecciones de transmisión sexual relacionadas con procesos oncogénicos genitales y orales. La biología molecular, mediante la identificación de los tipos virales involucrados, proporciona precisión diagnóstica con un enfoque epidemiológico. El objetivo de este estudio fue determinar la presencia de HPV en la mucosa oral de hombres con verrugas anogenitales y correlacionar los genotipos detectados en ambas muestras. Se estudiaron 26 pacientes varones con verrugas anogenitales que acudieron al Instituto de Dermatología de la ciudad de Resistencia (Argentina). La presencia de HPV en muestras orales y anogenitales se estudió mediante reacción en cadena de la polimerasa (PCR) y la genotipificación se realizó mediante PCR-RFLP. La prevalencia de HPV oral en pacientes con HPV anogenital fue del 46,2% (12/26). Se encontraron dieciocho genotipos con alto riesgo oncogénico en muestras orales de pacientes con infecciones únicas o múltiples y el tipo 16 fue el más frecuente (6 pacientes). Catorce genotipos en muestras orales fueron de bajo riesgo oncogénico, el más frecuente fue el tipo 6 (10 pacientes). En muestras anogenitales el genotipo 6 fue el más frecuente (13 pacientes), solo o en coinfección. Se encontró una alta prevalencia de HPV oral de malignidad de alto grado en nuestra población y coinfección con tipos oncogénicos. Las prácticas de sexo oral fueron la principal conducta de riesgo para la infección, lo que quedó demostrado por el hallazgo simultáneo del mismo tipo de HPV en muestras orales y anogenitales